【專家簡介】魏麗惠,女,教授、博士生導(dǎo)師,現(xiàn)任北京大學(xué)婦產(chǎn)科學(xué)系名譽(yù)主任、中國醫(yī)師協(xié)會婦產(chǎn)科分會副會長、中國優(yōu)生科學(xué)協(xié)會陰道鏡及宮頸病理學(xué)分會主任委員;《中華婦產(chǎn)科雜志》副總編輯、《中國婦產(chǎn)科臨床雜志》主編;原中華醫(yī)學(xué)會婦產(chǎn)科學(xué)會副主任委員、中華醫(yī)學(xué)會婦科腫瘤學(xué)分會副主任委員、中華醫(yī)學(xué)會北京分會副會長及婦產(chǎn)科學(xué)分會主任委員。中國女醫(yī)師協(xié)會副會長。第九、十、十一屆全國人大代表。1997年享受國家特殊津貼。 多年來從事婦產(chǎn)科醫(yī)療、科研和教學(xué)工作,擔(dān)任婦科主任多年。在婦科和婦科腫瘤診治中有豐富的臨床經(jīng)驗(yàn),處理了大量婦科疑難病癥;承擔(dān)院內(nèi)外多量疑難病癥的會診。科研上在婦科惡性腫瘤方面開展了多項(xiàng)研究。先后進(jìn)行了卵巢癌的臨床治療;子宮內(nèi)膜癌發(fā)病機(jī)制與臨床治療等相關(guān)研究;開展了子宮頸癌及其癌前病變研究;推動(dòng)開展了婦科盆底功能重建的臨床和研究。先后承擔(dān)多項(xiàng)國家、部委、北京市、北京大學(xué)等多項(xiàng)基金;發(fā)表論文四百余篇;主編、參編專業(yè)書籍10余部,培養(yǎng)博士研究生68名,先后獲國家教育部、中華醫(yī)學(xué)會、北京市等多項(xiàng)科研獎(jiǎng)。


大數(shù)據(jù)帶來的理念沖擊相信大家都已經(jīng)看到。在當(dāng)前信息飛快發(fā)展的大數(shù)據(jù)時(shí)代,各種信息幾乎以瞬時(shí)速度在全球傳播。這是一個(gè)發(fā)展極其迅速,各種觀念日新月異的時(shí)代,習(xí)總書記提出“在激烈的競爭中,唯創(chuàng)新者進(jìn),唯創(chuàng)新者強(qiáng),唯創(chuàng)新者勝”。若想走在這個(gè)時(shí)代前列,要有創(chuàng)新的思維,要結(jié)合大數(shù)據(jù),要充分理解網(wǎng)絡(luò)時(shí)代帶給我們的沖擊。臨床醫(yī)生是以臨床經(jīng)驗(yàn)和循證醫(yī)學(xué)為基礎(chǔ)的職業(yè),如何站在時(shí)代的潮流中去認(rèn)識、去思考信息時(shí)代帶來的對舊觀念的沖擊和理念的更新非常重要。


大數(shù)據(jù)時(shí)代已經(jīng)來臨,它將在眾多領(lǐng)域掀起變革的巨浪。縱觀20多年來,從信息時(shí)代(互聯(lián)網(wǎng))到大數(shù)據(jù)時(shí)代(互聯(lián)網(wǎng)+)再到人工智能(BI到AI),大數(shù)據(jù)的發(fā)展日新月異,我們應(yīng)該深入了解大數(shù)據(jù)的發(fā)展現(xiàn)狀、發(fā)展趨勢及其影響,樹立以大數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)的科研思路。隨著大數(shù)據(jù)在生命醫(yī)學(xué)的應(yīng)用逐步擴(kuò)大,將涉及到精準(zhǔn)醫(yī)療、醫(yī)療決策、投資決策、醫(yī)學(xué)研究、健康管理、AI診斷等方面。在本文中,北京大學(xué)魏麗惠教授從大數(shù)據(jù)的概念、基因組學(xué)與大數(shù)據(jù)的關(guān)系、基因組學(xué)大數(shù)據(jù)在臨床治療中的研究現(xiàn)狀與發(fā)展前景一一作了介紹。



一、大數(shù)據(jù)的概述


大數(shù)據(jù)(big data, mega data),或稱巨量資料,指的是需要新處理模式才能具有更強(qiáng)的決策力、洞察力和流程優(yōu)化能力的海量、高增長率和多樣化的信息資產(chǎn),是以多元形式,多來源搜集來的龐大數(shù)據(jù)組,往往具有實(shí)時(shí)性。


大數(shù)據(jù)具有5大特點(diǎn)(5V):大數(shù)據(jù)量(Volume)、高速(Velocity)、多樣化(Variety)、價(jià)值(Value)、真實(shí)性(Veracity)。曾用1秒定律形容大數(shù)據(jù)的高速特點(diǎn),而現(xiàn)在互聯(lián)網(wǎng)的速度已不僅僅是秒速度,甚至是光速度。


大數(shù)據(jù)并不是用隨機(jī)分析法(抽樣調(diào)查)的傳統(tǒng)捷徑,而采用所有數(shù)據(jù)進(jìn)行分析處理。由此引發(fā)相關(guān)的問題包括:對數(shù)據(jù)庫高并發(fā)讀寫要求、對海量數(shù)據(jù)的高效率存儲和訪問需求、對數(shù)據(jù)庫高可擴(kuò)展性和高可用性的需求。


國際數(shù)據(jù)公司(IDC)預(yù)計(jì),未來全球數(shù)據(jù)總量增長率將維持在50%左右,到2020年全球數(shù)據(jù)總量將達(dá)到40ZB,其中,中國將占全球的21%,達(dá)到8.6ZB。


二、從基因組學(xué)看大數(shù)據(jù)


基因組學(xué)是研究生物基因組和如何利用基因的一門學(xué)問,是研究生物基因組的組成、組內(nèi)各基因的精確結(jié)構(gòu)、相互關(guān)系及表達(dá)調(diào)控的科學(xué)?;蚪M學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)與代謝組學(xué)等一同構(gòu)成系統(tǒng)生物學(xué)的組學(xué)生物技術(shù)基礎(chǔ)。

大數(shù)據(jù)-基因組學(xué)涉及基因作圖、基因測序和整個(gè)基因組功能分析的遺傳學(xué)分支,該學(xué)科提供基因組信息以及相關(guān)數(shù)據(jù)系統(tǒng)利用,試圖解決生物、醫(yī)學(xué)和工業(yè)領(lǐng)域的重大問題。


1、人類基因組計(jì)劃



人類基因組計(jì)劃是一項(xiàng)規(guī)模宏大的,跨國、跨學(xué)科的科學(xué)探索工程,位列三大科學(xué)計(jì)劃(阿波羅登月計(jì)劃、曼哈頓原子彈計(jì)劃和人類基因組計(jì)劃)之一,被譽(yù)為生命科學(xué)的“登月計(jì)劃”。于1985年由美國科學(xué)家率先提出,1990年正式啟動(dòng),美國、英國、法國、德國、日本和我國科學(xué)家共同參與了這項(xiàng)預(yù)算達(dá)30億美元的人類基因組計(jì)劃。


中國是世界上人口最多的國家,有56個(gè)民族和極為豐富的病種資源,由于長期的相對的社會封閉,在一些地區(qū)形成了極為難得的族群和遺傳隔離群,一些多世代、多個(gè)體的大家系具有典型的遺傳性狀,這些都是克隆相關(guān)基因的寶貴材料。


人類基因組計(jì)劃(human genome project,HGP)首先是進(jìn)行基因組DNA測序,測定組成人類染色體(單倍體)的4萬個(gè)基因30億個(gè)堿基對組成的核苷酸序列,發(fā)現(xiàn)所有人類基因,找出它們在染色體上的位置。繪制人類基因組圖譜,辨識其載有的基因及其序列。破譯人類遺傳信息。至2001年,人類基因組工作草圖發(fā)表,2005年,人類基因組計(jì)劃的測序工作已經(jīng)完成,基本破譯人類所有的遺傳密碼。


2.基因組學(xué)的研究現(xiàn)狀


目前基因組學(xué)研究由基因組DNA測序逐漸過渡到功能基因組學(xué)和結(jié)構(gòu)基因組學(xué)。


基因組DNA測序是人類對自身基因組認(rèn)識的第一步,現(xiàn)在認(rèn)為的非洲是整個(gè)人類的起源,也是通過基因組測序發(fā)現(xiàn)的。


隨著測序的完成,功能基因組學(xué)研究成為研究的主流,從基因組信息與外界環(huán)境相互作用的高度,闡明基因組的功能,包括DNA序列變異性、基因組表達(dá)調(diào)控的研究、模式生物體的研究、生物信息學(xué)的研究等


而結(jié)構(gòu)基因組學(xué)主要是在生物體的整體水平上(如全基因組、全細(xì)胞或完整的生物體)測定出全部蛋白質(zhì)分子、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)、蛋白質(zhì)-核酸、蛋白質(zhì)-多糖、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)-核酸-多糖、蛋白質(zhì)與其他生物分子復(fù)合體的精細(xì)三維結(jié)構(gòu)。以期獲得一幅完整的、能夠在細(xì)胞中定位以及在各種生物學(xué)代謝途徑、生理途徑、信號傳導(dǎo)途徑中全部蛋白質(zhì)在原子水平的三維結(jié)構(gòu)全息圖。從而使人們有可能在基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、分子細(xì)胞生物學(xué)以致生物體整體水平上理解生命的原理,對疾病機(jī)理的闡明和疾病的防治有重要應(yīng)用意義。


3.基因研究對人類疾病的貢獻(xiàn)


人類疾病相關(guān)的基因是人類基因組中結(jié)構(gòu)和功能完整性至關(guān)重要的信息,如基因診斷、基因治療、基于基因組信息的疾病預(yù)防、疾病易感基因的識別、風(fēng)險(xiǎn)人群生活方式、環(huán)境因子的干預(yù)。


對于單基因病,采用“定位克隆”和“定位候選克隆”的全新思路,導(dǎo)致了一些疾病,如遺傳性結(jié)腸癌和乳腺癌等一大批單基因遺傳病致病基因的發(fā)現(xiàn),為這些疾病的基因診斷和基因治療奠定了基礎(chǔ)。


對于心血管疾病、腫瘤、糖尿病、神經(jīng)精神類疾?。ɡ夏晷园V呆、精神分裂癥)、自身免疫性疾病等多基因疾病是目前疾病基因研究的重點(diǎn)。


最近轟動(dòng)世界的免疫艾滋病的基因編輯嬰兒,即基因編輯、造人等也是基因組學(xué)研究中的熱點(diǎn),但基因研究之后,如何保證社會安定和人類倫理是非常關(guān)鍵的問題。


大數(shù)據(jù)對癌癥治療產(chǎn)生了深遠(yuǎn)的影響。我們正處于一場技術(shù)革命之中,大數(shù)據(jù)為人類生物學(xué)和癌癥提供了新的見解。大數(shù)據(jù)時(shí)代收集的大量信息,正在改變我們對帶癌癥治療和預(yù)防的方式,有些癌癥可以早期發(fā)現(xiàn)和預(yù)防,比如癌癥的遺傳學(xué)和表觀遺傳學(xué)、抗癌藥物的開發(fā)等,都是現(xiàn)在正在探討的問題。其中,最重要的是需要考慮人口科學(xué)、健康差異,包括癌癥的差異,癌癥患者的預(yù)后受種族、文化和社會經(jīng)濟(jì)的影響。實(shí)際上,在大數(shù)據(jù)中,癌癥治療已逐漸走向個(gè)體。數(shù)據(jù)共享和在科學(xué)中以病人為中心的優(yōu)先權(quán)是同樣重要的。


大數(shù)據(jù)-基因組學(xué)對癌癥治療也產(chǎn)生深遠(yuǎn)影響。通過現(xiàn)有的癌癥治療方法,約50%的患者可以治愈,另外的50%盡管最終死于癌癥,但是改善治療后,相當(dāng)多的以往致命的癌癥,像慢性病一樣可以治療,所以現(xiàn)在對待癌癥應(yīng)像對待慢性病一樣。但是在這種情況下,患者會遭受類似慢性病的折磨而影響生活質(zhì)量,因此,癌癥的預(yù)防應(yīng)放入優(yōu)先級別,這也是2017年在Lancet上發(fā)表的美國科學(xué)家對待腫瘤的新觀點(diǎn)??梢哉f,現(xiàn)在我們已經(jīng)遠(yuǎn)遠(yuǎn)邁出癌癥是“致死性疾病”的概念,在癌癥的對待上,如何從基因方面找尋預(yù)防策略、如何在靶向治療等各種治療手段中合理選用、如何提高患者治療過程中的生活質(zhì)量等,走在了前沿。


事實(shí)上影響癌癥發(fā)展的變化潛在干預(yù)手段主要集中在當(dāng)前對基因了解和了解基因的差異。對各種基因的廣泛研究,了解癌癥的遺傳形式,有助于對腫瘤精確地治療。如對攜帶BRCA1/BRCA2突變導(dǎo)致腫瘤發(fā)生的患者,從多元的、基于精確的診斷的治療方法,來選擇應(yīng)用ADP-ribose聚合酶抑制劑治療,是較為成熟的乳腺癌或卵巢癌治療模式,雖然在國內(nèi)。目前從最早識別的基因變化及其相關(guān)的表達(dá)突變蛋白,是可以使基于精確的癌癥預(yù)防成為可能的。所以大數(shù)據(jù)下的基因組學(xué)是在整體下的個(gè)體化,更精細(xì)的治療。


另外,基因組學(xué)-大數(shù)據(jù)對臨床治療常規(guī)也產(chǎn)生影響,已成為制定婦科惡性腫瘤診治規(guī)范的依據(jù)之一。早期的臨床診療主要依據(jù)經(jīng)驗(yàn)醫(yī)學(xué)。后來循證醫(yī)學(xué)產(chǎn)生,根據(jù)證據(jù)分級確定臨床診療依據(jù),至今為止,循證醫(yī)學(xué)仍然是制定臨床診治常規(guī)最多采用和非常重要、非常關(guān)鍵的方法。轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)是實(shí)驗(yàn)室研究與臨床實(shí)踐相互轉(zhuǎn)化的雙向循環(huán)式(B2B)方法,靶向治療是其中的典型。現(xiàn)在的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)(個(gè)體化治療),實(shí)際上就是將大數(shù)據(jù)和基因組學(xué)相融合,將個(gè)人基因、環(huán)境與生活差異均考慮在內(nèi)的疾病防治的新模式??梢?,目前我們正面臨診治規(guī)范制定依據(jù)多種方法并存的現(xiàn)狀。


三、從大數(shù)據(jù)到真實(shí)世界研究


真實(shí)世界研究  根據(jù)大數(shù)據(jù)制定的臨床診療方案返歸到真實(shí)世界的利用價(jià)值是怎樣的,也就是所謂的真實(shí)世界研究。利用真實(shí)世界研究的“真實(shí)世界證據(jù)”取代傳統(tǒng)臨床試驗(yàn)進(jìn)行擴(kuò)大適應(yīng)癥的批準(zhǔn),是目前應(yīng)用的非常多一種方法。


真實(shí)世界研究是指研究數(shù)據(jù)來自真實(shí)的醫(yī)療環(huán)境,反映實(shí)際診療過程和真實(shí)條件下的患者健康狀況的研究。真實(shí)世界研究的數(shù)據(jù)來源非常廣泛,可以是患者在門療、住院、檢查、手術(shù)、藥房、可穿戴設(shè)備、社交媒體等多種渠道產(chǎn)生的海量數(shù)據(jù),且所有遺傳密碼的信息都是大數(shù)據(jù)。隨著大數(shù)據(jù)在生命醫(yī)學(xué)的應(yīng)用逐步擴(kuò)大,將涉及到精準(zhǔn)醫(yī)療、醫(yī)療決策、投資決策、醫(yī)學(xué)研究、健康管理、AI診斷等方面。


真實(shí)世界研究與臨床隨機(jī)對照(RCT)研究的區(qū)別  RCT作為最高等級的臨床證據(jù)標(biāo)準(zhǔn),需要嚴(yán)格控制試驗(yàn)條件,在可能有效的目標(biāo)人群中進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化治療,樣本量小,隨訪時(shí)間短。而在真實(shí)世界研究中,可納入復(fù)雜的、患有多種疾病的患者;可以非隨機(jī)的方式分配治療;可在治療中根據(jù)患者的需求和臨床醫(yī)師治療策略變化,同時(shí)用多種措施;允許臨床醫(yī)師根據(jù)病情和患者全身狀況確定劑量,精確地滿足患者需要;可以設(shè)定更長的研究期限以測量干預(yù)措施的遠(yuǎn)期效益和風(fēng)險(xiǎn);可以包括更寬泛的指標(biāo),如功能指標(biāo)、患者報(bào)告結(jié)局、成本效益指標(biāo)等,使研究證據(jù)有更強(qiáng)的外推性,更具臨床實(shí)用價(jià)值。


大數(shù)據(jù)在婦產(chǎn)科領(lǐng)域中的應(yīng)用 以4價(jià)HPV疫苗的應(yīng)用為例,4價(jià)HPV疫苗先通過小樣本RCT證實(shí)其有效性,包括起效時(shí)間、降低宮頸高級別病變的有效率和降低HPV的感染率等,后應(yīng)用于一定人群,包括歐洲、美國、加拿大、澳大利亞等,從中得到2006年-2013年的真實(shí)世界數(shù)據(jù)來證實(shí)4價(jià)HPV疫苗的有效率、藥物效果維持時(shí)間等。在澳大利亞,19-22歲女性中完成疫苗接種的人群比未接種人群的CIN2/3+發(fā)病率下降53%,而在丹麥,1993-1994年出生的女性中,接受疫苗接種的人群比未接種人群的CIN2/3+發(fā)病率下降73%。所以,4價(jià)HPV疫苗是在經(jīng)過臨床隨機(jī)對照研究證實(shí)其有效后,再通過真實(shí)世界數(shù)據(jù)進(jìn)一步證實(shí)其對CIN2+的真實(shí)世界保護(hù)效果?,F(xiàn)在認(rèn)為的4價(jià)HPV疫苗保護(hù)時(shí)間可以維持10-12年,九價(jià)疫苗是7.6年,都是從真實(shí)世界數(shù)據(jù)中得來的結(jié)論。


四、基因組學(xué)在婦產(chǎn)科領(lǐng)域的應(yīng)用


1.對子宮內(nèi)膜漿液性癌的認(rèn)識


子宮內(nèi)膜癌分為I、II型,已被廣泛接受,II型子宮內(nèi)膜癌以子宮內(nèi)膜漿液性癌(ESC)為代表,雖然ESC僅占子宮內(nèi)膜癌的10%~15%,但是其惡性程度高,預(yù)后差。2014年孔北華團(tuán)隊(duì)做大量的研究認(rèn)為,子宮內(nèi)膜腺體異型增生(EmGD)可能是子宮內(nèi)膜漿液性癌(ESC)的癌前病變,研究發(fā)現(xiàn)ESC起源于子宮內(nèi)膜中形態(tài)正常而p53免疫反應(yīng)陽性的子宮內(nèi)膜細(xì)胞(p53印記),經(jīng)EmGD階段后發(fā)展為子宮內(nèi)膜上皮內(nèi)癌(EIC),最終發(fā)展至侵襲性ESC。從形態(tài)學(xué)上可以識別的癌前病變?yōu)镋SC的早期診斷和降低死亡率提供依據(jù)。在WHO 2014年的腫瘤新分類中,將EIC列入子宮內(nèi)膜漿液性癌中。EIC具有高度侵襲性,診斷時(shí)33%-45%有子宮外轉(zhuǎn)移,故手術(shù)范圍按照卵巢癌腫瘤細(xì)胞減滅術(shù)進(jìn)行。以上其實(shí)是通過基因組學(xué)、大數(shù)據(jù)和真實(shí)世界研究得出的結(jié)論。


2.卵巢癌


BRCA基因與異常的相關(guān)性導(dǎo)致了新的卵巢癌預(yù)防性戰(zhàn)略。BRCA是一種與卵巢癌相關(guān)的人體抑癌基因,一旦發(fā)生突變,機(jī)體就將喪失抑制腫瘤發(fā)生的功能,導(dǎo)致癌細(xì)胞大量繁殖。如果確定是攜帶BRCA1和BRCA2基因的遺傳性卵巢癌家族,發(fā)生卵巢癌的風(fēng)險(xiǎn)增加至40%-50%。根據(jù)復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院吳小華教授等的研究顯示,中國卵巢癌患者BRCA突變率為28.45%,其中BRCA1突變率20.82%,BRCA2突變率為7.63%。在BRCA1或BRCA2中與突變有關(guān)的各種類型的癌癥研究表明,乳腺癌的發(fā)生發(fā)展與BRCA1突變密切相關(guān)。


BRCA基因的發(fā)現(xiàn)不僅僅體現(xiàn)在腫瘤的診斷,在治療方面也有重大突破。PARP抑制劑作為針對BRCA1和BRCA2基因突變的靶向治療,是最引人注目的精確癌癥治療形式之一。PARP抑制劑被推薦用于所有對鉑類治療敏感的復(fù)發(fā)性卵巢癌患者的維持治療(無論是否攜帶BRCA突變),以及攜帶BRCA突變卵巢癌患者的三線以后治療。


五.大數(shù)據(jù)對醫(yī)學(xué)發(fā)展的影響


1.未來醫(yī)學(xué)模式的變化


當(dāng)前醫(yī)療體系面對的是病人,醫(yī)生主要對病人進(jìn)行治療。而未來隨著精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的發(fā)展和組學(xué)大數(shù)據(jù)的介入,任何人在沒有得病的時(shí)候,我們就能測得其組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,對其未來健康發(fā)展的危險(xiǎn)因素作出評估,根據(jù)評估進(jìn)行適當(dāng)干預(yù)。從而將整個(gè)醫(yī)療健康體系的關(guān)口前移。


最近北京大學(xué)人民醫(yī)院和全國多家醫(yī)院合作,正在進(jìn)行關(guān)于陰道鏡圖像的大數(shù)據(jù)研究,旨在分析病變并預(yù)測病變,已收集15000例資料,未來將進(jìn)一步驗(yàn)證其效果,這對于基層醫(yī)院提高陰道鏡診斷水平有重要的意義。


2. 大數(shù)據(jù)下如何重塑醫(yī)療的未來


創(chuàng)新使用大數(shù)據(jù)為未來醫(yī)療帶來巨大的想象空間,大數(shù)據(jù)浪潮下的精準(zhǔn)醫(yī)療,通過預(yù)防減少患病,大數(shù)據(jù)、信息技術(shù)創(chuàng)新有望為醫(yī)療健康水平提升帶來新的動(dòng)力。大數(shù)據(jù)幫助我們完成從治療到預(yù)防的跨越,大數(shù)據(jù)幫助我們帶來醫(yī)療的創(chuàng)新,幫助人們更好的了解疾病,預(yù)防疾病,更健康的生活。如現(xiàn)在正在推廣的患者HPV自取樣檢測聯(lián)合手機(jī)軟件能有效的提高篩查效率。我們希望通過大數(shù)據(jù)能夠進(jìn)一步推動(dòng)醫(yī)療變化,但大數(shù)據(jù)時(shí)代的醫(yī)療模式發(fā)生的變化,臨床醫(yī)生能跟上嗎?這是需要大家深入思考的問題。


綜上所述,大數(shù)據(jù)的觀念已運(yùn)用到各行各業(yè),在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域中應(yīng)用帶來了巨大的改變和發(fā)展。在大數(shù)據(jù)的時(shí)代,臨床醫(yī)生應(yīng)具有創(chuàng)新思維,積極運(yùn)用基因組學(xué)-大數(shù)據(jù)的手段,在預(yù)防疾病、診治疾病、改善患者的預(yù)后與生存質(zhì)量的道路上不斷前行。


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